Kvalite vakcín sa venuje mimoriadna pozornosť, ktorá je pre ich špecifické vlastnosti väčšia, než u iných liekov. Je zabezpečovaná súborom požiadaviek, ktoré sa nazývajú:
V rámci registračného konania výrobca predkladá obsiahlu a veľmi podrobnú dokumentáciu o kvalite, účinnosti a bezpečnosti lieku/vakcíny. Kvalita východiskových surovín, medziproduktov a výsledného produktu sa posudzuje podľa požiadaviek Európskeho liekopisu, na tvorbe ktorého sa podieľajú medzinárodní experti. Európsky liekopis sa neustále, niekoľkokrát ročne, aktualizuje. Liekopis obsahuje záväzné normatívy kvality liečiv a liekov. Stanovená kvalita je jednou zo základných záruk bezpečnosti liekov pre pacientov a iných užívateľov.
Výrobný proces je ďalej kontrolovaný inšpekciami Správnej výrobnej praxe, ktoré sa robia minimálne každé dva roky. Inšpekcie musia spĺňať medzinárodne stanovené požiadavky a môže ich vykonávať iba organizácia, ktorá bola preverená na ich dodržiavanie.
U výrobcu zvlášť určená osoba, tzv. kvalifikovaná osoba na prepustenie lieku so sídlom v niektorom štáte Európskej únie, skontroluje podmienky výroby danej šarže a výsledky predpísaných analýz.
Prepustenie vyrobenej šarže vakcíny výrobcom však ešte neumožňuje jej používanie na trhu v štátoch Európskej únie. Vakcíny spolu s krvnými derivátmi, na rozdiel od ostatných liekov, musia byť podľa článku 114 Smernice Európskej komisie č. 2001/83/EC prepustené aj príslušným štátnym orgánom so sídlom v niektorom štáte EÚ a musia mať národný alebo tzv. Európsky certifikát o prepustení vyrobenej šarže vakcíny na trh Európskej únie. Rozsah predpísaných skúšok pred prepustením vakcíny na trh, ktoré musí vykonať výrobca ako aj príslušný štátny orgán, je dostupný na stránke Európskeho riadiaceho úradu pre kvalitu liekov - EDQM so sídlom v Štrasburgu (Product Specific Guidelines for OCABR of Human Biological Medicinal Products):
http://www.edqm.eu/en/Product_Specific_Guidelines_Model_Protocol_Templates_OCABROBPR-85.html
Pred umiestnením každej vyrobenej šarže vakcíny na slovenský trh musí ešte výrobca v predstihu predložiť na Štátny ústav pre kontrolu liečiv výrobnú a kontrolnú dokumentáciu aj v prípade, ak bol vydaný aj Európsky certifikát. Po ich validovaní ŠÚKL schváli uvedenie príslušnej vakcíny na slovenský trh.